1、案件中，由于法院拍卖有法律效力，A公司可以出具法院的拍卖结果和执行通知书办理不动产登记，但擅自扩建部分不予登记。

不动产登记包括“变更”、“转让”两种方法。两种方法是有区别的。如果房屋发生了买卖交易，那么土地权利转移属于变更登记。而经过拍卖取得的房屋登记类型是转移登记。A公司通过拍卖取得的房屋进行登记时，权利人发生改变，可以办理不动产转移登记。

申请时，A公司(买受人)可以携带个人组织机构代码证、人民法院拍卖房地产后确权的民事裁定书、房屋权证、国有土地使用证以及其他材料，向不动产登记机构申请登记。但

由于拍卖只对已经登记的部分有权利，因此不动产登记机构在这种情况下只会对已经登记的部分予以转移登记，而对于擅改扩建的部分是不予登记。

2、若想对扩建部分办理不动产登记，需要补缴扩建部分的土地出让金。

《城乡规划法》规定，国有建设用地使用权出让合同中记载的有关内容发生改变，房屋权利人应当向当地人民政府城乡规划主管部门申请变更规划条件。若由于房屋扩建，使得容积率增加，还需要城乡规划主管部门有责任向国土资源主管部门通报，国土资源主管部门备案。

我国《国有建设用地使用权出让地价评估技术规范(试行)》中有规定，“调整容积率的房屋，需补缴地价款等于楼面地价乘以新增建筑面积”。所以，案例中的A公司需要补缴出让土地的地价款后才能申请办理不动产登记。但有一点需要注意，如果房屋不符合变更条件，将不会予以登记。

通过分析案例，我们可以知道，如果我们购买擅自扩建的房屋，在办理不动产登记的时候，需要将多出部分的土地地价款补缴，之后才能办理。